一人ワルプルギスの夜に挑み、深手を負ったほむら。
何度挑戦しても勝てないくやしさ、自分の行為がかえってまどかを苦しめることになっていたことへの絶望で、自らのソウルジェムを黒く染め上げていく。そんなほむらの前に現れた少女、鹿目まどか。まどかは、決意のまなざしでワルプルギスの夜を見据え、ほむらに言い放つ。

「叶えたい願い事をみつけたの」

魔法少女となる者の運命を全て知った彼女は、
果たして何を願い、どんな決断を下すのか？